孩子眼中的世界在这部电影里美妙的展开，父母双亡的小玛丽（凯特·马伯里 Kate Maberly饰）来到苏格兰的亲戚家住了下来。这是个美丽而又有点神秘的庄园，尤其是秘密花园更是玛丽心中的一个大谜团。原来，玛丽的姨母曾经在自己这个花园的千秋上丧命，姨父便从此紧锁了花园大门。 无意中发现了钥匙的玛丽打开了花园的大门。从此，花园成为了玛丽与大自然水乳交融的圣地。玛丽还带上了长期坐在轮椅上的表弟科林（...
尽管从小就失去了母亲的呵护和关爱，但汤姆（路易斯·霍夫曼 Louis Hofmann 饰）还是长大成为了一个活泼伶俐的男孩。调皮的他无心上学，经常偷偷溜出学校，惹出一连串的麻烦。哈克贝利（莱昂·塞德尔 Leon Seidel 饰）是汤姆的朋友，一次偶然中，两人溜进墓地玩耍，却意外的目睹了一桩杀人事件。 害怕遭到凶手的报复，汤姆和哈克贝利决定踏上逃亡的旅途，一行人来到了一座荒岛之上，在此开始了...